Ống silicon cấp thực phẩm thường không được khuyến khích tiếp xúc trực tiếp với chất khử trùng. Mặc dù ống silicon có thể chịu được một số hóa chất trong một số trường hợp, chất khử trùng thường chứa chất oxy hóa mạnh, clorua, rượu hoặc các thành phần hóa học ăn mòn và phản ứng khác có thể phản ứng với gel silicon, gây ăn mòn bề mặt, cứng lại, đổi màu hoặc suy giảm hiệu suất của ống silicon.
Ví dụ, mặc dù phản ứng giữa natri hydroxit và gel silicon tương đối nhẹ ở nhiệt độ phòng, nhưng nó có thể xảy ra phản ứng dữ dội ở nhiệt độ cao, ảnh hưởng đến hiệu suất của ống silicon. Tương tự, chất khử trùng có chứa clo như natri hypoclorit có đặc tính oxy hóa mạnh và có thể làm hỏng cấu trúc hóa học của silica gel. Mặc dù chất khử trùng bằng cồn ít gây kích ứng hơn nhưng việc tiếp xúc lâu dài cũng có thể gây ra tác dụng phụ đối với gel silicone.
